Během komunálních voleb se objevila řada sporných případů týkajících se volebního práva občanů Evropské unie, kteří mají v České republice povolení k trvalému pobytu nebo potvrzení o přechodném pobytu. Někteří hlasovali bez problémů, jiní se museli svých práv domáhat nebo jim volební komise hlasování vůbec neumožnily. Týkalo se to především Slováků.